La fundación se estableció en 1999 en la celebración del décimo aniversario de la escuela “Instituto Técnico Colombo- Alemán” cofundada por el Círculo de Amistad Colombo-Alemán (CIRCA) en la ciudad colombiana de Lérida. Esta escuela se creó con el objetivo de brindar una educación adecuada a jóvenes en la ciudad de Armero, la cual fue destruida por una erupción volcánica.

En esta celebración escolar, el profesor Dr. Peter Paul Konder sugirió al entonces presidente del CIRCA, Guillermo Rubio Vollert, el ofrecerle a los bachilleres graduados en el instituto la posibilidad de cursar un estudio universitario con la ayuda de una beca.

Ese fue el momento en el que surgió la idea de crear una fundación, ya que a través de donaciones esporádicas no sería posible proporcionar una ayuda económica continúa a los estudiantes.

La ayuda inicialmente prestada por el profesor Dr. Konder a un cierto número de estudiantes de forma privada dio luego paso a la creación de una fundación independiente y sin ánimo de lucro con sus propios estatutos y junta directiva. Esto gracias a un capital inicial de 50.000 euros aportado por el profesor. Al mismo tiempo, el profesor Dr. Konder logró motivar a otras personas afines a Colombia a donar a la Fundación Beca Konder. Tras su muerte en 2006, su patrimonio privado fue destinado completamente a su fundación.